乾隆在国家安全问题上，采取过许多或高明、或精明、或阴鸷的手腕。
有清一代 ，喇嘛教是国教，但乾隆并不信黄教。他在评论活佛转世时说：“蒙古呼图克图活佛转世，其实是一种取巧方便的方法……佛本无生死，哪有转世？但是不允许转世，那么数万番僧就无所皈依，所以不得不如此罢了。”