魏忠贤以为时机成熟，终于大开杀戒。首先遭到杀害的是工部屯田司郎中万燝。他在杨涟上疏几天之后，也上疏揭发魏忠贤在香山碧云寺所造坟墓仿佛帝王陵寝规格，而且此人“口衔天宪，手握王爵，生杀予夺”。皇帝大为震怒，下令廷杖一百。魏忠贤鉴于当时弹劾他的奏疏络绎不绝，借圣旨之威杀一儆百，拿一个小小的曹郎下手，特命亲信太监把万燝拉至午门，一顿乱棍打得他血肉横飞，还未受廷杖已经气息奄奄。其后有“六君子之狱”、“七君子之狱”，残酷迫害异己分子。天启五年三月底，由于魏忠贤的亲信锦衣卫镇抚司许显纯严刑拷打汪文言，扳诬杨镐、熊廷弼公行贿赂，魏忠贤以皇帝圣旨的名义逮捕杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章“六君子”，与已经逮捕入狱的汪文言一起，“一并究问追赃”。