日中历史有一些时期很有巧合性，比如朱元璋建立明朝并即位的洪武元年1368年，恰巧是足利义满成为室町幕府第三代征夷大将军的那一年，而宣统皇帝宣布退位的1912年，又恰巧是明治天皇去世的同年。因此，整个明清时代，和室町初期到明治末年，重叠为一个历史时期，而这个历史时期中，中日关系大体经历了三个阶段：第一个是日本被整编进入明朝的册封体制，以足利将军为“日本国王”，向明朝朝贡的时期；第二个是日本方面在宁波争朝贡先后，从而激怒明朝，命令停止朝贡并将日本置于册封体制外，中国与日本开始进行对等贸易的时期；第三个是江户幕府的德川家光在宽永年间颁布锁国令，限定中国商人与日本通航仅在长崎一地，两国关系从而进入以长崎通商为中心的时代。