枯山水庭园中的砂子是表现水流的最基本的元素，利用砂纹来表现水纹。明明没有水，却感觉到了水的流动是枯山水的一大独特之处。庭园中江河、大海、云海甚至大宇宙均由砂纹所形成的几何图形表现。一般的枯山水庭园的砂子为白砂，大部分产自京都北白川，称为白川砂。但也有少量红色砂的枯山水庭园，著名作庭家重森三玲所作的东福寺龙吟庵的东庭“不离之庭”便是由红砂构成。此外也有黑砂的庭园，东福寺龙吟庵的方丈庭园便是用黑白两种砂子构成云海的图案。